江苏省水产质量检测中心成立于2001年2月8日，依托于江苏省淡水水产研究所，隶属于江苏省海洋与渔业局，是全额拨款的公益事业单位。2002年9月通过省级计量认证，现已依法开展无公害水产品、渔业水域水质、渔用饲料、水产品及其加工产品的检验/检测工作，是具有第三方公正性地位的水产质量监督检验机构。农业部渔业产品质量监督检验测试中心(南京)是农业部授权、经过国家计量认证的法定专职检验机构，是社会公益性的非营利技术服务事业单位。

农业部渔业产品质量监督检验测试中心（南京）技术与业务受农业部质量办公室（农业部科技与质量标准司）领导，法律上受江苏省水产质量检测中心授权，中心主要从事水产品(包括水产加工产品)、渔业环境、渔用饲料、渔药和水产种质的检验/检测。中心自2003年成立以来，检验业务不断扩大，主要完成了农业部药物残留检测、农业部农产品质量安全监督抽查、农业部水产品例行监测、农业部贝类监控、江苏省水产品药物残留监控、江苏省水产品质量安全调查、无公害水产品检测、多项无公害标准、法规的起草工作及多项科研工作，检测技术水平和人员素质不断提高。中心于2009年12月通过了农业部、中国国家认证认可监督管理委员会的“2+1”复评审，具备了水产品、渔业环境、水产种质、渔用饲料、渔药等7大类318项产品/参数的法定检验能力。同时，中心也是农业部农产品质量安全中心无公害水产品的授权检测机构，能够开展无公害水产品、绿色食品、有机食品、地理标志产品（“三品一标”）的检测/检验工作。

中心下设1个办公室和3个检测室，现有工作人员24名，其中具有正高级职称的人员3名、副高级职称的人员4名、中级职称的人员8名，检验人员20名，技术人员占总人数的83%。中心现有实验室面积1500平方米，各种仪器设备120余台套，固定资产近2000万元。